Die ACLU wurde 1920 als Reaktion auf den so genannten Red Scare gegründet. Prominente Mitglieder der Frühzeit waren Addams John Dewey der Richter am Supreme Court Felix Frankfurter oder der Anführer der Socialist Party Norman Mattoon Thomas.
Die ACLU setzte sich mehrmals gegen Verbannung der Evolutionstheorie aus dem US-amerikanischen Schulunterricht ein. 1925 in Tennessee verlor sie den Prozess 1981 in Arkansas war sie erfolgreich.
Nach den Angriffen auf Pearl Harbour 1942 setzte sich die ACLU vehement gegen Internierung von Amerikanern japanischer Abstammung in den ein.
1954 spielte die ACLU eine wichtige Rolle Prozess Brown v. Board of Education der zum der Segregation in den amerikanischen Schulen führte.
1973 war die ACLU die erste große Organisation die aufgrund des Watergate -Skandals die Absetzung von US-Präsident Richard Nixon forderte.
Im selben Jahr beteiligte sich die im Prozess Roe v. Wade der die Rechte amerikanischer Frauen bei Abtreibung stärkte.
1977 verklagte die ACLU die Stadt Skokie die Demonstrationen von Neonazis in ihren Stadtgrenzen verboten
Seit den Anschlägen des 11. September 2001 setzt sich die ACLU gegen die Ausweitung der Befugnisse für Polizei und Geheimdienste die insbesondere durch den Patriot Act etabliert wurden ein.
Die ACLU gilt in großen Teilen USA als äußerster linker Rand des politisch Akzeptablen.