Im Jahr 1775 kam er als Inspektor und Lehrer Mineralogie zurück an die Bergakademie in Freiberg wo er bis zu seinem Tod Er entwickelte die Mineralogie als ein von Bergbaukunde getrenntes Fachgebiet. Erstmals hielt er Vorträge die Geognosie als Wissenschaft von den physischen mineralogischen Beschaffenheit der Erde insgesamt. Er machte die Erdbeobachtung zur Erfahrungswissenschaft.
Werner entwickelte auch ein mineralogisches System heute nicht mehr in Gebrauch ist doch seine Kennzeichenlehre und die Mineralbeschreibungen klassisch.
Werner war der Ansicht dass die Ozeane der Ursprung der Bildung von Mineralien der Veränderung der Erdoberfläche sind. Damit begründete er den so Neptunismus .
1851 wurde Abraham Gottlob Werner in den zu Freiberg ein Denkmal errichtet.