Er war Sohn des römischen Priesters der bei Unruhen erschlagen wurde.
Er arbeitete mit Cassiodorus zusammen um Rom eine Bibliothek kirchlicher Autoren in Griechisch Latein zu begründen was Cassiodorus auch bei Projekt in Vivarium half wo er die griechischen Philosophen ins Lateinische übersetzte.
Der König der Ostgoten Theodahad bat Agapitus nach Konstantinopel zu reisen um Kaiser Justinian I. von einer Invasion Italiens nach dem der gotischen Königin Amalasuntha die dem Kaiser gesonnen war zu beruhigen. Zwar gelang es nicht Justinian von seinem Vorhaben abzubringen sein führte aber zu einer Auseinandersetzung mit dem der Kaisergattin Theodora unterstützten beim orientalischen Klerus aber unbeliebten Anthimus I. der Anhänger der monophysitische Häresie war. Diese Lehre war im Konzil von Chalcedonverworfen worden und Agapitus gelang es die des Kaisers für die Absetzung Anthimus zu Er ernannte und weihte Menas zu dessen
Agapitus starb kurze Zeit später. Sein führte zu einer Entspannung zwischen West- und und er wird auch von den Orthodoxen heute als Heiliger verehrt. Sein Gedenktag ist 22. April .