Van der Bellen ist verheiratet und zwei erwachsene Söhne.
Van der Bellen wuchs in Tirol maturierte 1962 am Akademischen Gymnasium in Innsbruck studierte Volkswirtschaft an der Universität Innsbruck und promovierte 1970 zum Doktor. Er war von 1968 bis 1971 Assistent am Institut für Finanzwissenschaft der Universität Innsbruck von 1972 bis 1974 am Internationalen Institut für Management und Wissenschaftszentrum Berlin. 1975 habilitierte er sich in Finanzwissenschaft.
1976 wurde er zum Außerordentlichen Univiversitätsprofessor an Universität Innsbruck ernannt ging dann nach Wien lehrte von 1977 bis 1980 als Ordentlicher Universitätsprofessor für Volkswirtschaftslehre an Universität Wien . Anschließend übernahm er den Lehrstuhl für Zwischen 1990 und 1994 war er Dekan bzw. stellvertretender Dekan Fakultät für Sozial- und Wirtschaftswissenschaft.
Schwerpunkte seiner Forschung lagen in den Planungs- und Finanzierungsverfahren im öffentlichen Sektor Infrastrukturfinanzierung öffentliche Ausgaben staatliche Regulierungspolitik öffentliches Unternehmen und und Verkehrspolitik.
Ehemals Mitglied der SPÖ ist Van der Bellen seit 1994 Nationalratsabgeordneter der Grünen seit 1997 Bundessprecher und seit 1999 Klubobmann der Grünen im Nationalrat .