Alfons III. wurde als jüngerer Sohn Alfons II. und der Urraca von Kastilien geboren. dem Tode seines Vaters übernahm zunächst sein Bruder Sancho II. den portugiesischen Thron. Alfons geht deshalb an den französischen Königshof wo seine Tante mütterlicherseits Blanca Kastilien die Witwe König Ludwig VIII. als Regentin und Königsmutter einen großen hatte.
Durch Heirat erwarb er 1235 die Grafschaft Boulogne. Zu diesem Zeitpunkt sich Portugal gerade in einem schweren Konflikt König Sancho II. und der katholischen Kirche . Blanca von Kastillien sah eine Chance den traditionellen Alliierten des damaligen französischen Erbfeindes England ins pro-französische Lager zu ziehen und deshalb Alfons III. im Kampf gegen seinen Sie erreichte dass Papst Innozenz IV. 1245 auf dem Konzil von Lyon Alfons III. zum Verwalter Portugals ernannte cura et administratio generalis et libera ") und damit de facto die Absetzung II. verfügte. Alfons III. begab sich nach nach einem Bürgerkrieg gelang es ihm seinen zu besiegen und die Regentschaft über Portugal übernehmen. Nach dem Tod seines Bruders 1248 bestieg er dann selbst den portugiesischen
Alfons III. gelingt 1250 / 1251 die Rückeroberung der Algarve . Damit ist die Reconquista in Portugal abgeschlossen die Mauren sind aus dem Land vertrieben. Er 1256 die Hauptstadt von Coimbra nach Lissabon. trennte sich von seiner Ehefrau da diese nach zwei frühgestorbenen Söhnen keine Kinder mehr konnte wurde von der Kirche gebannt da er seine zweite Frau heiratete die erste Ehe annulliert wurde konnte sich wieder aus dem Bann lösen. Der erneute die Rechte der Kirche zu beschneiden zumindest massive Expansionsbestrebungen einzudämmen führte zum großen Streit den Päpsten die ihn wieder bannten und Land mit dem Interdikt belegten. Er förderte weitblickend die Neubesiedlung neueroberten Gebiete und die Landwirtschaft und genoß Anhänglichkeit im Volk.
Alfons III. war zweimal verheiratet. Seine Frau war Mathilde eine geborene Gräfin der Nachdem er sich von ihr getrennt hatte er Beatrix von Kastilien eine Tochter des von Kastilien und römisch-deutschen Kaisers Alfons X. .
Kinder aus der ersten Ehe mit Mathilde von Boulogne