Hundhammer hat Glück durch Vermittlung einflußreicher Kreise kommt er schon am 6. Juli 1933 wieder frei. Allerdings hat er und Redeverbot und wird durch die Gestapo Um seine Frau und wachsende Kinderschar ( Richard * 22. Mai 1927 Wolfgang Rudolf * 27. Januar 1934 und Alois * 17. September 1941 ) erhalten zu können absolviert er die im Schuhhandel und eröffnet 1934 eine Schuhreparaturwerkstätte in der Sendlinger Straße in München. Der Laden dient Anlaufstelle für Oppositionelle und Widerstandskämpfer teilweise in versteckte Botschaften werden hier ausgetauscht. Hundhammer entgeht drohenden Verhaftung jedoch knapp durch seine Einberufung Wehrmacht 1939. In der amerikanische Gefangenschaft nach Ende des Krieges knüpft er Kontakte zu Mithäftlingen und plant den Wiederaufbau Bayerns für Zeit nach dem Krieg. Nach seiner Entlassung gründet er zusammen mit Karl Scharnagel Josef Müller und Fritz Schäffer als Gegengewicht zur SPD und KPD die Christlich-Soziale-Union ( CSU ). Er ist Mitglied der verfassunggebenden Landesversammlung wird am zum CSU-Fraktionsvorsitzenden gewählt und bleibt bis 1951 . Der föderalistisch eingestellte Müller tritt für Toleranz ein während Hundhammer zusammen mit Schäffer katholisch-konservativ-altbayrischen Flügel angehört. Müller und Hundhammer behindern gegenseitig. So verhindert Hundhammer die Wahl Müllers Ministerpräsidenten dem wiederum gelingt es die Wahl zum Parteivorsitzenden abzuwenden. Hans Ehard der keinem der verfeindeten Lager der angehört wird 1946 auf Vorschlag Hundhammers zum gewählt. Unter seiner Regierung wird Hundhammer Staatsminister Unterricht und Kultus bis 1950.
Beschreibung
In diesem Amt macht er sich seine erzkonservative Haltung nicht nur Freunde. 1947 setzt er die Wiedereinführung der Prügelstrafe wodurch er sich scharfen Widerspruch aus Teilen Bevölkerung zuzieht. Noch größer ist die Aufregung den ”Abraxas”-Skandal 1948 : Hundhammer beendet die Aufführung des freizügigen von Werner Egk an der Bayrischen Staatsoper trotz des Publikumserfolges was von Kritikern als Zensur gewertet
1951 wird er Landtagspräsident und bleibt dies 1954 . Die CSU erleidet eine dramatische Wahlniederlage wird von einer Viererkoalition aus SPD FDP Bayernpartei und BHE abgelöst. In der Folgezeit zieht sich aus der Öffentlichkeit etwas zurück und widmet verstärkt der Arbeit in verschiedenen katholischen Verbänden eigenen geschäftlichen Unternehmungen in der Baubranche. Allerdings er auch Vorsitzender des Ermittlungsausschusses in der Spielbankenaffäre um hohe Regiernugsmitglieder der Viererkoaltion in Folge die Bayernpartei schwer beschädigt und der der Weg zur erneuten Machtübernahme geebnet wird.
Danach zieht es ihn wieder in aktive Politik: Von 1957 - 1969 ist er Landwirtschaftsminister in den Kabinetten Hanns Seidel Hans Ehard und Alfons Goppel unter diesem auch stellvertretender Ministerpräsident ( 1966 -1969). Er leitet die Flurbereinigung ein die Bauern bessere Wirtschaftsmöglichkeiten eröffnen soll.
In dieser Periode macht er sich stark für die Errichtung einer Gedenkstätte im KZ Dachau und kann diese am 1965 auch selbst eröffnen.
In seinen letzten Lebensjahren bekämpft Hundhammer den Aufstieg von Franz Josef Strauß kann jedoch nicht verhindern daß dieser Ministerpräsident wird.