Nach der Schule in Feltre trat 1820 in die staatlichen Dienste in Tirol und Vorarlberg . Ab 1825 war er der Adjunkt des Bregenzer Kreisingenieurs. Dabei arbeitete er an der mit so dass er schnell auch über Grenze der K und K Monarchie bekannt wurde und 1832 in die neugeschaffene Stelle des Wasserbau - und Strasseninspektor des Schweizer Kantons St. Gallen wechselte. 1836 bekam er in der Stadt Zürich den Auftrag zum Neubau der Münsterbrücke über die Limmat. Als Generalinspektor der Kaiser-Ferdinands-Nordbahngesellschaft Negrelli 1842 bis 1848 zahlreiche Hochbauten der Bahn in Österreich-Ungarn darunter die Strecke Wien - Olmütz . Zur gleichen Zeit klärte er für Eidgenossen die Möglichkeiten für den Bau der Eisenbahnverbindung und übernahm als technischer Leiter der Nordbahn den Bau des ersten Abschnittes von nach Baden. Bereits ab 1836 beschäftigte er sich parallel mit der des Suezkanals ab 1857 war er der technische Direktor der Ferdinand de Lesseps verschleierte lange Zeit erfolgreich die wahre der Baupläne. Erst lange Zeit nach dem Negrellis als Lesseps im Dschungel von Panama an dem nächsten Kanalprojekt scheiterte kam die Wahrheit über die wahre Urheberschaft der ans Tageslicht (siehe Diskussion).
1850 wurde Negrelli von Kaiser Franz Joseph für seine Verdienste mit dem Orden Eisernen Krone III. Klasse ausgezeichnet und in österreichischen Ritterstand erhoben.
In Österreich als Eisenbahnpionier hoch gefeiert wurde er dafür geadelt. Adelsnamen von Moldelbe wählte er selbst und das stieß auf Widerstand. Denn der gebürtige Italiener wählte demonstrativ zwei böhmische Geografienamen die Moldau und die Elbe für sein österreichisches Adelsprädikat das ihm die Donau-Monarchie verleihen wollte. Als er sich dann noch für die Sache seiner italienischen Landsleute dem von Österreich besetzten Oberitalien deutlich aussprach fiel er in Ungnade wurde dabei rasch fast vergessen.
Dem Franzosen Lesseps kam das allerdings ganz recht so er sich nach dem Tod Negrellis als Schöpfer und Erbauer des Suezkanals feiern lassen dessen Pläne der Eisenbahnpionier den Alpen für ihn seit 1838 entwarf. Die Donaumonarchie die selbst keine Überseekolonien besaß verlor nach dem Verlust Oberitaliens sein früheres Interesse an dem kürzeren Landweg Indien . Und so bekam Negrelli erst gut Jahrhundert später wenigstens eine Alois-Negrelli-Gasse eine kleine im 21. Wiener Bezirk. Negrellis Denkmal in Ägypten ist seit dem Sechs-Tage-Krieg verschwunden.
Nur dank dem Engagement einiger österreichischer und Ingenieure ist das Gedenken über den Suezkanalschöpfer doch ein wenig wiedererweckt.
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