Ab 1507 ist er Dozent an der Universität Wittenberg . Dort setzt er sich vor allem den Schriften Wilhelm von Ockhams auseinander. 1510 promoviert er im Fach Theologie. Er Professor der Theologie und Diakon an der Allerheiligen (Schlosskirche Wittenbergs zur Universität gehörend). Martin Luther promoviert unter Karlstadt.
Durch die Lektüre von Staupitz und Augustinus entwickelt er eigene reformatorische Ansätze. Gemeinsam Luther schreibt und disputiert er gegen Johannes Eck . Für eine kurze Zeit wirkt er Dänemark kehrt aber bald nach Wittenberg zurück.
1521 /22 kommt es in Wittenberg zu Unruhen. befindet sich auf der Wartburg und Karlstadt treibt die Reformation in voran. Er predigt gegen die Bilder(verehrung) das Zölibat und für ein Abendmahl in beiderlei Gestalt (Brot und Wein die Gemeinde). Das Weihnachtsfest 1521 feiert Karlstadt in weltlicher Kleidung ein in beiderlei Gestalt und hält seine Predigt Deutsch. Durch seine Predigten angestachelt kommt es zum Bildersturm . Der Rat der Stadt weiß auf Predigten Karlstadts keine Antwort und auch Melanchthon ist in den theologischen Aussagen unsicher. beruft sich nämlich nicht mehr nur noch die Bibel sondern auch auf eine geistige Das Verhältnis von Geist und Schrift ist Melanchthon zu diesem Zeitpunkt noch nicht vollständig Der Rat ruft nach Luther der die beenden sollen. Luther gegen den Rat Friedrichs der Wartburg und hält im März 1522 in Wittenberg seine Invokavitpredigten. Darin heißt die Reformationen Karlstadts als gut kritisiert aber Umsetzungen. Karlstadt nimmt in seiner Reformation keine auf die Schwachen. Nach diesen Unruhen legt seinen Prälatenrock ab und kleidet sich mit dem Auch den Doktortitel legt er ab und sich ab dann Bruder Andreas nennen. Er nach Orlamünde weichen.
1523 geht er dann als Pfarrer ins sächsische Orlamünde. Dort führt er die Reformation durch dir Gemeinde in seinem Sinne durch. vielen Punkten (Bilder Abendmahlsfrage) ähneln seine Positionen Zwinglis und Calvins . Im August 1524 kommt es zu zwei heftigen Streitgesprächen Luther in Jena und Orlamünde. Im selben Jahr wird aus Sachsen vertrieben.
Obwohl Karlstadt ein Bündnisangebot Thomas Müntzers abgelehnt hatte muss er nach der der Aufstände fliehen. Luther erwirkt für ihn Asyl in Sachsen nachdem Karlstadt seine Abendmahlslehre hat. 1529 kehrt er Sachsen endgültig den Rücken. Norddeutschland trifft er auf Melchior Hofmann einen Täufer . Auch ein Aufenthalt in Pilsum / Ostfriesland ist historisch zu belegen.
Zunächst Förderer und Weggefährte Luthers entwickelt bald eine eigene reformatorische Konzeption. Insbesondere in Vorstellungen von der Laienkompetenz ging er weiter viele andere Reformatoren.
Ulrich Bubenheimer Consonantia Theologiae et Iurisprudetiae Andreas Bodenstein von Karlstadt als Theologe und zwischen Scholastik und Reformation in: Ius Ecclesiasticum 24 (Tübingen 1977)