Pannekoek war ein international anerkannter Astronom Astrophysiker. Sein Wirken wurde nach seinem Tod die Benennung des Astronomischen Instituts der Universität Amsterdam nach ihm gewürdigt.
Als marxistischer Theoretiker – er war einer der Köpfe der linksradikalen Bewegung in den Niederlanden Deutschland – gilt er als Mitbegründer des Rätekommunismus . Bekannt sind vor allem seine Schriften Arbeiterräten aber auch seine Kritik am Leninismus etwa seine 1938 pseudonym als John Harper verfasste Kritik der Leninschen Philosophie : Lenin als Philosoph .