Honegger wird als Sohn eines aus Zürich stammenden Ehepaares in Le Hâvre wo Vater als Kaffeeimporteur tätig ist geboren und dort auf (bleibt aber sein Leben lang Staatsbürger). Er erhält früh Musikunterricht lernt das komponiert schon als Jugendlicher. 1909 beginnt er ein Studium am Konservatorium in Zürich (Violine Musiktheorie ) und setzt es 1911 am Pariser fort (Violine Kontrapunkt ). In der Kontrapunktklasse von André Gédalge er die Bekanntschaft von Darius Milhaud und Jacques Ibert. Ab 1915 studiert er Komposition (bei Charles-Marie Widor ) und Dirigieren (bei Vincent d'Indy ).
1918 schließt er sein Studium ab und sein erstes eigenständiges Werk das Ballet Le Dit des Jeux du monde dessen Uraufführung am Ende des Jahres Skandal auslöst und dem Komponisten öffentliche Aufmerksamkeit Er ist einer der Mitglieder der Groupe des Six steht aber der offiziellen ästhetischen Position der Gruppe eher distanziert gegenüber.