Von 1878 bis 1889 war er Kapellmeister des Leipziger Stadttheaters. 30.12.1884 dirigierte er die Uraufführung Bruckners 7. Sinfonie Leipziger Neuen Theater.
Nach Aufenthalten in Boston und Budapest er im Jahr 1895 in Nachfolge von Carl Reinecke Gewandhauskapellmeister in Leipzig; er führte dieses Amt zu seinem Tode.
Ebenfalls seit 1895 war er Chefdirigent Berliner Philharmonischen Orchesters.
Am 23. Januar 1922 starb Nikisch Alter von 66 Jahren in Leipzig. Er wurde dem Leipziger Südfriedhof beigesetzt (II. Abteilung).
Im Jahr 1971 stiftete die Stadt den Arthur-Nikisch-Preis für junge Dirigenten .