Kurfürst Moritz von Sachsen erhielt erst 1547 von Karl V. Kurwürde des dem Schmalkaldischen Bundes angehörenden Friedrich Sachsen. Der deshalb von den Protestanten Judas von Meißen genannte Moritz setzte sich an die der gegen die Spanische Sukzession aufbegehrenden Fürsten Karl 1552 und nötigt ihn zur Flucht.
Den weltlichen Reichsständen wird Religionsfreiheit zugesichert nicht für den Einzelnen sondern für den Getreu dem Motto Cuius regio eius religio ( In wessen Gebiet ich lebe dessen Religion ich annehmen ) bedeutete das dass den Untertanen keine zuteil wurde sondern diese den Glauben ihres anzunehmen hatten. Das Motto selbst stammt allerdings aus dem 17. Jahrhundert. Untertanen die der anderen Religion angehörten mussten entweder die Religion dürften aber auch auswandern. Dieses Recht auf (nur bei unterschiedlicher Religion) ist einmalig im und für damalige Verhältnisse sehr fortschrittlich.
Obwohl die Reformierten erst mit dem Westfälischen Frieden 1648 wirklich gleichberechtigt mit den Katholiken und wurden gilt der Augsburger Religionsfriede gemeinhin als der durch die Reformation bedingten Auseinandersetzungen.