Nach dem Tode Josef Pilsudskis 1935 wuchs der Nationalismus der polnischen Regierung. 1936 veröffentlichte er einen Brief in der den Juden vorwarf die Kirche zu bekämpfen den Atheismus und Bolschewismus zu verbreiten. Er warnte vor dem Einfluss jüdischer Schulen und sprach sich für Boykott jüdischer Geschäfte aus verbot aber strikt oder gar Tötung von Juden.
1940 ging Hlond für mehrere Monate nach Rom . Seine Berichte über die Verfolgung und durch die Nationalsozialisten wurden von Radio Vatikan ausgestrahlt und sind in den Berichten polnischen Regierung für das Nürnberger Tribunal enthalten.
Unter dem Druck der deutschfreundlichen Kreise Vatikan wurde er aus Rom verdrängt und die Jahre 1940 bis 1944 in Lourdes Im Juli 1945 ging er nach Poznań und wurde nach Warschau versetzt wo im Juni 1946 Primas von Polen wurde.
Er wirkte nach Kriegsende auf deutsche ein sich zusammen mit ihren Kirchengemeinden der nach Westen zu fügen. So wurde der des ostpreußischen Ermland Maximilian Kaller 1945 von seiner Diözese durch Hlond entfernt.