1521 sucht Hubmaier in Waldshut die innere Einkehr und beginnt ab 1522 die reformatorischen Schriften Martin Luthers zu lesen wobei ihn besonders dort paulinische Theologie fasziniert. Er kommt in Kontakt mit Kreisen und schließt Freundschaft mit Huldrych Zwingli . In dessen Umfeld lernt er auch Täufer kennen unter ihnen den späteren Märtyrer Konrad Grebel. Anfang 1525 läßt Hubmaier sich in Zürich taufen .
Es kommt zum endgültigen Bruch mit nachdem er in seiner wohl bedeutendsten Schrift Vom christlichen Tauff der Gläubigen seine Taufauffassung gerechtfertigt hatte. Er wird in Zürich verhaftet und widerruft seinen täuferischen nachdem er mit der Todesstrafe bedroht worden Nach einer erfolgreichen Flucht aus dem Gefängnis er Asyl in Nikolsburg. Dort stellt er sich die in vielen Täuferkreisen gelehrte und praktizierte Er ruft - seine Schutzherrschaft in Nikolsburg - zum bewaffneten Widerstand gegen die "türkische auf.
In Mähren verfaßte Humaier weitere 18 Schriften durch er großen Einfluß auf die täuferischen Kreis Diese Schriften kreisen thematisch um die bekannten Lehrauffassungen: Ablehnung der Kindertaufe Gemeindezucht und Ablehnung des Eides . Historische Quellen berichten das Hubmaier in mehr 2000 Anhänger getauft habe.
Hubmaier kehrt nach Waldshut zurück und auch dort eine Täufergemeinde. König Ferdinand I. läßt ihn dort unter dem Vorwurf Aufruhrs verhaften. Während seiner Haft schreibt er bekannte "Rechenschaft meines Glaubens" in der er eindeutig als Täufer bekennt. Das Angebot eines schlägt er aus und wird 1528 bei Leibe in Wien verbrannt. Seine letzten Worte: "Die Wahrheit ist untödlich!" Drei Tage nach seinem Märtyrertod wird Ehefrau ertränkt.