Bayle war einer der herausragenden Theoretiker Aufklärung und gilt als Begründer einer streng Geschichtsschreibung. Er wandte sich gegen Dogmatismus in Form verlangte Toleranz auch gegenüber Atheisten und trat für die Trennung von Staat und Kirche ein.
Er wurde anfangs von seinem Vater calvinistischem Minister unterrichtet trat aber später einem Jesuiten -Kolleg in Toulouse bei. Nach einen Monat konvertierte er 1669 zum römisch-katholischem Glauben. Siebzehn Monate später rekonvertierte er zum Calvinismus und floh nach Genf um etwaiger Verfolgung zu entgehen. Dort er die Lehren von René Descartes . Für einige Jahre arbeitete er unter Namen Bèle als Hauslehrer für verschiedene Pariser 1675 wurde er an die philosophische Fakultät protestantischen Universität von Sedan berufen. 1681 wurde die Universität geschlossen. Bayle fand kurz darauf als Professor für Philosophie und eine neue Anstellung an der Ecole Illustre Rotterdam. Dort veröffentlichte er ein Jahr später Schrift Pensées diverses sur la comète de 1680 sowie seine Kritik an Louis Maimbourgs zur Geschichte des Calvinismus.
1684 veröffentlichte Bayle diverse Literaturkritiken unter dem Nouvelles de la république des lettres . 1693 musste er seinen Lehrstuhl nach einem Streit mit Pierre Jurieu und seinen darin geäußerten freisinnigen Ansichten aufgeben. Bayle nutzte diesen um sich ganz seinem Hauptwerk Dictionnaire historique et critique zu widmen. Während seiner letzten Jahre er zahlreiche Schriften und Repliken zur Kritik Dictionnaires . Er starb 1706 im Rotterdamer Exil.