Im 16. Jahrhundert strahlte die Reformation in Form einer calvinistisch geprägten Glaubenslehre auch auf Frankreich aus. allem im Südwesten des französischen Königreichs nahmen Menschen den neuen Glauben an und wurden als "Huguenots" (Hugenotten) bezeichnet. Mehrere französische Adelsgeschlechter konvertierten zum Protestantismus wodurch sich die Konflikte mit der verschärften. 1562 brach der erste der insgesamt acht Hugenottenkriege aus in denen auch La Rochelle umkämpft war.
Die am Golf von Biscaya gelegene Stadt La Rochelle war einer wichtigsten Stützpunkte der Hugenotten. Der venezianische Ingenieur Scipione Vergano ließ 1569 die mittelalterlichen Mauern der Stadt mit zeitgemäßen Bastionen und Wällen ausbauen wodurch La Rochelle einer der stärksten Festungen der Hugenotten wurde. Am 11. Februar 1573 begann ein Heer unter König Karl IX. mit der Belagerung von La Rochelle die am 6. Juli desselben Jahres durch Verhandlungen beendet werden Die königlichen Truppen hatten 34.000 Kanonenkugeln auf Stadt abgefeuert und acht erfolglose Sturmangriffe unternommen. wurden über 20.000 Belagerer getötet oder verwundet. galt La Rochelle als nahezu uneinnehmbar.
Unter König Heinrich IV. fanden die Kriege ein Ende. Heinrich war selbst ein Hugenotte nahm aber 1593 den katholischen Glauben an. Mit dem Edikt von Nantes ( 1598 ) garantierte er den Hugenotten politische und Privilegien und gestand ihnen mehrere Sicherheitsplätze zu denen sie auf Staatskosten eigene Garnisonen unterhalten durften. Nach Heinrichs Ermordung 1610 wurde sein Sohn als Ludwig XIII. französischen König gekrönt. Ludwigs absolutistische Bestrebungen richteten sich unter anderem gegen Sonderrechte der Hugenotten was deren Widerstand provozierte. 1621 erhoben sich die Hugenotten woraufhin Ludwig einen Feldzug gegen sie unternahm. Dabei scheiterte an der Eroberung von Montauban und Montpellier und musste am 10. Oktober 1622 das Edikt von Nantes bestätigen. Die von La Rochelle und Montauban durften beibehalten
1624 wurde Kardinal Richelieu zum neuen leitenden Minister unter Ludwig ernannt. Richelieu trat für die vollständige Beseitigung politischen Sonderrechte der Hugenotten ein und übte einen großen Einfluss auf König Ludwig aus. verschärfte seine gegen die Hugenotten gerichtete Politik erneut zu Erhebungen führte. Unter Benjamin de Rohan stellten die Hugenotten im Januar 1625 Truppen in der Provinz Poitou auf. besetzten die Île de Ré westlich von La Rochelle und setzten dort aus nach Oléron über wo sie königliche Garnison besiegten. Benjamins älterer Bruder Henri de Rohan hatte währenddessen mit der Aushebung Truppen in Languedoc begonnen. In dieser Situation richteten die Forderungen an den König. Ludwig XIII. erklärte zu einer Bestätigung des Edikts von Nantes verlangte aber im Gegenzug die Beschränkung der von La Rochelle auf die mittelalterliche Mauer die Einsetzung eines königlichen Verwalters als oberste in der Stadt. Die Rohans lehnten dies und ersuchten ausländische Unterstützung.
Benjamin de Rohan begab sich in protestantische England um dort militärische Hilfe zu erbitten. nahm Kontakt zum Duke of Buckingham George auf der mit dem englischen König Karl I. befreundet war. Villiers ließ eine Flotte 5000 Soldaten bemannen und begab sich mit nach La Rochelle. Als sie am 25. Juli 1627 vor der Stadt eintrafen entschieden Villiers zunächst für einen Angriff auf die Ré die bereits von königlichen Truppen besetzt war. Die englischen Soldaten gingen im Osten Insel an Land und schlugen einen Angriff Franzosen zurück welche sich daraufhin in das Fort St. Martin zurückzogen. Villiers ließ das belagern während unter den Bewohnern von La Uneinigkeit darüber herrschte wie man sich gegenüber Engländern verhalten solle.
Am 4. August traf ein königliches mit einer Stärke von 11.000 Mann unter Befehl des Duc d'Angoulême vor La Rochelle Angoulême legte den Bewohnern der Stadt die nahe was bei diesen heftige Diskussionen auslöste. königlichen Truppen verhielten sich zunächst friedlich doch sie am 10. September dazu über das westlich von La befindliche Fort St. Louis auszubauen. Die Hugenotten dies als Provokation und nahmen das Fort Geschützfeuer. Die königlichen Truppen erwiderten das Feuer. ließ nun einen Ring aus Feldbefestigungen um die Stadt errichten und stellte Soldaten auf einen langwierigen Belagerungskampf ein. In Rochelle war jeder männliche Erwachsene zur Verteidigung Stadt aufgerufen. Bürgermeister Jean Guiton und Benjamin Rohan übernahmen den Oberbefehl.
Am 7. Oktober gelang es den Mannschaften von 46 Transportschiffen auf der Île de Ré an zu gehen und die Besatzung vom Fort Martin mit Lebensmitteln und Munition zu versorgen. Kommandant des Forts hatte es bereits in gezogen wegen Nahrungsmangel zu kapitulieren. Am 12. Oktober traf Ludwig XIII. mit neuen Truppen La Rochelle ein. Das königliche Heer war auf eine Stärke von über 20.000 Soldaten Am 7. November befahl Villiers einen Sturmangriff auf das St. Martin der lediglich zur Eroberung des Walles führte. Villiers plante daraufhin den Rückzug England doch setzten in der Nacht auf 8. Oktober 4000 französische Soldaten auf die Île Ré über und griffen die Engländer am an. Die Besatzung des Forts nutzte dies einem Ausfall gegen Villiers' Truppen unter denen Blutbad angerichtet wurde. Villiers gehörte zu den denen die Flucht auf ein Schiff gelang.
Während des Winters ließ Ludwig XIII. Verbände heranziehen bis das Belagerungsheer im Januar über 30.000 Soldaten umfasste. Obwohl seit Beginn Belagerung bereits mehrere Monate vergangen waren verfügten Verteidiger von La Rochelle über ausreichend Nahrung Munition da sie über den Seeweg von Schiffen mit Nachschub versorgt wurden. Die Belagerer deshalb in der Bucht von La Rochelle dem Bau eines Deiches mit dem die vollständig von der Außenwelt abgeschnitten werden sollte. dem Deich wurden Kanonen postiert die man gegen die feindlichen einsetzte. Von einem Überläufer erfuhr man auf Seite dass ein unbewachter Zugang in die führe. Kardinal Richelieu brach in der Nacht den 13. März mit 5000 Soldaten auf um La auf diesem Wege zu erstürmen. Seine Kundschafter sich jedoch in der Sumpflandschaft nördlich der Stadt und entdeckten erst Morgen den ungeschützten Zugang. Die Hugenotten wurden die Präsenz zahlreicher Gegner alarmiert und schlossen Lücke in ihren Befestigungsanlagen.
Die Seeblockade zeigte bereits im Frühjahr Wirkung. In La Rochelle brach eine Hungersnot der täglich mehrere Hundert Menschen zum Opfer Die Zahl der Überläufer vergrößerte sich während Mitglieder des Stadtrats Anschläge unternommen wurden. An Tagen wurde über die Hälfte einer Kompanie aufgefunden welche die Nachtwache auf einem Wall hatte. Selbst Gras und Schuhsohlen wurden von Hugenotten verzehrt. Mit dem Eintreffen eines Entsatzheeres unter Henri de Rohan konnten die der Stadt nicht mehr rechnen. Bis zum 12. Oktober trafen mehrere englische Flotten vor der ein die ausnahmslos von den Truppen des abgewiesen wurden. Am 27. Oktober eröffnete Bürgermeister Jean Guiton Verhandlungen mit Belagerern. Ludwig XIII. und Richelieu marschierten am 1. November mit ihren Truppen in die Stadt Guiton wurde aus Frankreich verbannt während Benjamin Rohan die Flucht nach England gelang.
Etwa drei Viertel der Einwohner von Rochelle waren verhungert. Ludwig XIII. hatte für Belagerung die enorme Summe von 40 Millionen aufgewendet. Die Befestigungsanlagen von La Rochelle wurden der Einnahme der Stadt geschleift. Durch die sämtlicher Sicherheitsplätze fielen die Hugenotten als militärischer weg doch wurden ihre bisherigen religiösen Freiheiten 1629 im Gnadenedikt von Alès bestätigt. Dadurch die innenpolitische Situation stabilisiert so dass sich französische Krone auf eine vor allem gegen Habsburg gerichtete Machtpolitik konzentrieren konnte. Unter Ludwig XIV. wurden 1685 mit dem Edikt von Fontainebleau die religiösen Freiheiten der Hugenotten beseitigt. Hunderttausend Hugenotten flohen aus Frankreich.