Von 1984 bis 1986 erhielt Bernd Rohwer ein Forschungsstipendium der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) und habilitierte sich 1987 an der Universität Freiburg zum Thema "Konjunktur und Wachstum ". Seit 1987 war er neben seiner Tätigkeit Privatdozent an der Universität Freiburg wobei er Themenbereiche Finanzwissenschaft Finanzpolitik und Wirtschaftspolitik abdeckte. Von 1991 bis 1993 nahm Bernd Rohwer neben seiner hauptberuflichen einen Lehrauftrag an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel wahr. 1999 wurde Bernd Rohwer zum außerplanmäßigen Professor der Universität Freiburg im Breisgau ernannt 2002 zum außerplanmäßigen Professor an der Kieler
In den Jahren 1987 und 1988 leitete Bernd Rohwer das Referat "Wirtschaftspolitik Redaktion" in der Westdeutschen Landesbank (WestLB) in Düsseldorf bis ihn Björn Engholm als Leiter des Planungsstabes und der Denkfabrik " in der Staatskanzlei Kiel nach Schleswig-Holstein Dort wurde Bernd Rohwer 1993 Leiter der "Ressortkoordinierung und Planung" gleichzeitig stellvertretender Chef der 1998 wurde er zum Staatssekretär im Ministerium für Wirtschaft Technologie und des Landes Schleswig-Holstein ernannt dessen Minister Horst Bülck er 2000 ablöste. Seit der Kabinettsreform 2003 ist Bernd Rohwer Minister für Wirtschaft und Verkehr des Landes Schleswig-Holstein.