Im Zweiten Weltkrieg wurde das Bernsteinzimmer von den deutschen "sichergestellt". Am 14. Oktober 1941 wurde es unter dem Kommando von Graf Solms-Laubach in 27 Kisten nach Königsberg Der 36-stündige Abbau war unter Aufsicht von Sachverständigen vorgenommen worden. Am 13. November 1941 berichtet die Königsberger Allgemeine Zeitung ausführlich über eine Ausstellung von Teilen Bernsteinzimmers im Königsberger Schloß.
Über den weiteren Verbleib des Bernsteinzimmers nichts bekannt. Zahlreiche internationale Gruppen versuchen bis durch umfangreiche Recherchen parallel zur Rekonstruktion das wiederzufinden. Nach neuen Erkenntnissen der beiden britischen Adrian Levy und Catherine Scott-Clark ist das 1945 in Königsberg verbrannt. Das gehe aus bislang unbeachteten aus dem Nachlass des sowjetischen Bernsteinzimmer-Beauftragten Anatoli hervor.
Im Jekaterinenpalais wurde seit 1979 die Rekonstruktion des Bernsteinzimmers gearbeitet die hauptsächlich auf schwarz-weiß Fotos des Originals stützte. Nach Finanzierungsproblemen konnten die Arbeiten eine Spende von 3 5 Millionen Dollar der Ruhrgas AG abgeschlossen werden. Danach das neue Bernsteinzimmer im Rahmen des 300-jährigen von St. Petersburg am 31. Mai 2003 durch Bundeskanzler Gerhard Schröder und dem russischen Präsidenten Wladimir Putin eingeweiht.
In Kleinmachnow bei Berlin befindet sich ein Miniatur-Bernsteinzimmer Nachbildung des Originals. Die Berliner Sammlerin Ulla ließ dieses Kunstwerk aus ostpreussischem Bernstein anfertigen im Miniaturmuseum "Arikalex" auf dem Gelände des Dreilinden ausstellen. Der Erlös des Eintritts kommt Arikalex-Verein zugute welcher soziale Projekte zugunsten misshandelter behinderter Kinder finanziert.