Auf der Strecke Kappeln-Flensburg durchquert die die hügelige Landschaft Angelns und bietet streckenweise Sicht auf die Ostsee . Westlich Flensburgs wo sie die A7 kreuzt führt die B99 durch die Geest um schließlich in der Marschlandschaft an der Nordseeküste zu enden. Dieser Streckenabschnitt ist besonders weil dort der Verkehr von der A7 Sylt stattfindet.