Schüler von u.a. Albert von Kölliker Rudolf Virchow Heinrich Müller und Franz Leydig. Betrieb intensiv den Ernst Haeckels nach Jena . Gegenbaur hatte eine starke Ausstrahlung auf Umgebung zu seinen Kollegenzählten unter anderen Matthias Schleiden Emil Huschke Ernst Haeckel Hermann Klaatsch seinen Studenten (häufig gemeinsame Betreuung mit Haeckel) Fürbringer Richard Hertwig Oskar Hertwig Emil Rosenberg Ambrosius Arnold Hubrecht J. E. V. Boas Hans Friedrich M. Sagemehl N. Goronowitsch H. K. Corning Röse und S. Paulli. Er gründete einer Schule die sich weit in das 20. verfolgen lässt seine Ideen sind selbst in heutigen "Evo-Devo"-Debatte noch immanent. Carl Gegenbaur entwickelte Goethe /Okensche "Wirbeltheorie des Schädels" zur "Segmenttheorie des weiter und stellte eine Theorie zur Herkunft Tetrapodenextremitäten auf. Gründer des "Morphologischen Jahrbuches". Autor Lehrbuches "Vergleichende Anatomie der Wirbelthiere mit Berücksichtigung Wirbellosen" (ab 1898).
Gegenbaur C. (1870): "Über das Skelet der der Wirbeltiere im Allgemeinen und der Hintergliedmassen Selachier insbesondere"; Jenaische Z. Med. Naturwiss. 5:
Gegenbaur C. (1871): "Ueber die Kopfnerven von und ihr Verhältnis zur "Wirbeltheorie des Schädels"; Z. Med. Naturwiss. 6: 497-559
Gegenbaur C. (1872): "Untersuchungen zur vergleichenden Anatomie Wirbeltiere. 3. Heft: Das Kopfskelet der Selachier Grundlage zur Beurtheilung der Genese des Kopfskeletes Wirbelthiere"; Verlag von Wilhelm Engelmann Leipzig
Gegenbaur C. (1872): "Über das Archipterygium"; Jenaische Med. Naturwiss. 7: 131-141
Gegenbaur C. (1876): "Die Stellung und Bedeutung Morphologie"; Morphol. Jahrb. 1: 1-19
Gegenbaur C. (1888): "Die Metamerie des Kopfes die Wirbeltheorie des Kopfskeletes im Lichte der Untersuchungen betrachtet und geprüft"; Morphol. Jahrb. 13:
Gegenbaur C. (1889): "Ontogenie und Anatomie in Wechselbeziehungen betrachtet"; Morphol. Jahrb. 15: 1-9
Fürbringer M. (1903): "Carl Gegenbaur. Heidelberger Professoren dem 19. Jahrhundert"; Festschrift der Universität Heidelberg Zentenarfeider ihrer Erneuerung durch Karl Friedrich. 2:
Fürbringer M. (1903): "Carl Gegenbaur"; Anat. Anz. 589-608
Hoßfeld U. Olsson L. and Breidbach O. (2003): "Carl Gegenbaur and Evolutionary Morphology". Theory Biosciences Vol. 122.
Nyhart L. K. (1995): "Biology Takes Form. Morphology and the German Universities 1800-1900"; The of Chicago Press Chicago - London
Plate L. (1925): "Jenaer Professoren als Förderer Abstammungslehre"; Verh. Dtsch. Zool. Ges. 30: 14-45
