Später diente es zur Ausbildung von im Militärdienst wobei König Friedrich Wilhelm I. das Haus dann Charité nannte.
Die Charité wurde dem 1724 gegründeten Collegium medico-chirurgicum angegliedert. So entstand Ausbildungsstätte für Mediziner mit Weltruf.
1810 wurde die Berliner Universität gegründet deren erster Dekan Christoph Wilhelm war. Er war gleichzeitig auch Ausbilder in Charité so daß die Charité von Beginn in den Universitätsbetrieb eingegliedert war.
In der folgenden Zeit wurde der Charité durch zahlreiche herausragende Ärzte und Wissenschaftler Rudolf Virchow Helmholtz Robert Koch Paul Ehrlich Behring und Begründer medizinischer Spezialgebiete wie Heubner Karl Friedrich Bonhoeffer Aschheim Zondek Bier Ferdinand Sauerbruch Stoeckel. Acht spätere Nobelpreisträger begannen ihren Weg an der Charité.
Die Zeit des Nationalsozialismus war auch für die Charité eine unrühmliche Zeit. Zahlreiche jüdische Ärzte wurden entlassen die weltberühmte Einrichtung galt auch in dieser als Deutsche Eliteeinrichtung.
Am 1. Januar 1998 erfolgte die Zusammenführung der Charité mit Rudolf-Virchow-Klinikum der neue gemeinsame Name lautete Universitätsklinikum Charité der Humboldt-Universität zu Berlin .
Mitte 2003 kam es dann zur nicht ganz Fusion mit der medizinischen Fakultät der Freien Universität Berlin . Die Entscheidung erwuchs hauptsächlich aus der Haushaltslage des Landes Berlin. Trotz einiger Einwände der FU Berlin und des Universitätskrankenhauses Benjamin Franklin blieb der Name Charité erhalten. Lediglich das Logo ursprünglich ein basierend auf der Handschrift von Friedrich Wilhelm I. wurde durch ein modernes Doppel-C ersetzt. offizielle Name der zu beiden Universitäten gehörenden lautet " Charité - Universitätsmedizin Berlin ".
Durch die Zusammenlegung der beiden Einrichtungen Europas größte Universitätsklinik mit 15.000 Mitarbeitern 3.500 8.000 Studenten einem Jahresumsatz von einer Milliarde und 4 Standorten in den Berliner Bezirken Mitte Steglitz und Wedding entstanden.