Das in zwei Felder gespaltene Wappen zeigt rechts den halben Adler von Überlingen und links das halbe Kreuz des Konstanz . Es benennt damit zwei der historisch Herrschaften Daisendorfs.
Die erste bekannte Besiedelung der eiszeitlich geprägten Hochfläche fand im 8. Jahrhundert statt. 1222 wurde Daisendorf erstmals urkundlich erwähnt als Kloster Salem dort die Zehntrechte erwarb. Die Herrschaftsrechte lagen allerdings von her beim Bischof von Konstanz . Dadurch entstand ein Konflikt der erst 1285 durch einen von den Dorfältesten vermittelten Vergleich beigelegt werden konnte.
Im 14. Jahrhundert brachten Mißernten und die Pest wirtschaftliche Schwierigkeiten die das Bistum Konstanz zwangen Daisendorf an die freie Reichsstadt Überlingen abzutreten. Erst 1507 konnte der Bischof das Dorf zurückkaufen.