Der Ort wurde 889 erstmals urkundlich erwähnt. Im Jahr 1283 belehnte Rudolf von Habsburg den Grafen Heinrich von Fürstenberg mit Grafschaft Baar und Donaueschingen. Damit war auch Recht verbunden Bier zu brauen. Hier hat Fürstlich Fürstenbergische Brauerei ihren Ursprung. Im Jahre 1488 ging der Ort in den Besitz Grafen von Fürstenberg über. Seit dem frühen 18. Jahrhundert ist der Ort die Residenz der von Fürstenberg . Im Jahr 1806 fiel Donaueschingen an das Großherzogtum Baden und erhielt 1810 das Stadtrecht. 1908 fiel ein großer Teil der Stadt Brand zum Opfer.
Die Stadt unterhält zwei Gymnasien das Fürstenberg-Gymnasium und das Wirtschaftsgymnasium. Weiterhin Realschule und eine Abendrealschule. Es folgt eine Hauptschule die Eichendorffschule. Dem schließen ich vier Grundschulen an die Eichendorffschule die Erich-Kästner-Schule (mit Allmendshofen Grüningen) die Grundschule Pfohren (mit Außenstelle und die Grundschule Wolterdingen. Es gibt zwei Sonderschulen die Heinrich-Feurstein-Schule und die Karl-Wacker-Schule.
Für die Berufsausbildung gibt es zwei Schulen. Das sind die Gewerblichen Schulen Donaueschingen die Kaufmännische und Hauswirtschaftliche Schulen (KHS). Weiterhin Fachschulen die Altenpflegeschule und die Fachschule für Im ehemaligen Kreiskrankenhaus ist die Landesakademie für und Personalentwicklung an Schulen untergebracht.
Die Gemiende Allmendshofen wurde im Jahr 1933 eingemeindet. Im Jahre 1935 folgte Aufen. Alle anderen oben genannten wurden im Rahmen der Verwaltungsreform im Kommunalbereich 1970 bis 1975 eingemeindet.