Auch unter dessen Nachfolger Francisco Madero setzte Zapata seinen Aufstand fort bei er für die Sache der Bauern im kämpfte. Als 1913 Madero vom Militär ermordet kam der unbeliebte Victoriano Huerta an die Macht. Zapata verbündete sich dieser Zeit mit Francisco Villa der die Aufständischen im Norden befehligte in Chihuahua bereits eine Armee aufgestellt hatte. Es jedoch zu Streitigkeiten untereinander und mit ihrem Befehlshaber Venustiano Carranza der sich schließlich durchsetzte und Villas besiegte. Zapata kämpfte noch einige Zeit im weiter obwohl Carranzas Sieg längst feststand. Die EZLN unter seinem Führer Subcomandante Marcos sieht sich heute noch in der dieses Kampfes um die Rechte der verarmten
1952 wurde Zapatas Leben von Elia verfilmt. In Viva Zapata! spielte Marlon Brando die Hauptrolle.