1949 wurde er in den ersten Deutschen Bundestag gewählt. In diesem hatte Köhler das des ersten Bundestagspräsidenten inne. In seiner Antrittsrede sagte Köhler: "Wir wollen dienen den Armen und Bedürftigen sollen die Selbstsüchtigen in Schranken halten und wollen den Schwachen vor dem Starken schützen."
Allerdings erfuhr Köhler in seiner Amtsführung heftige Kritik; es kam sogar zu einem Nachdem Köhler im Bundeshaus einen Nervenzusammenbruch erlitt er auch die Unterstützung seiner eigenen Fraktion . Am 16 . Oktober 1950 trat Köhler vom Amt des Bundestagspräsidenten Sein Nachfolger wurde Hermann Ehlers .
1953 wurde Köhler auch in den Deutschen Bundestag gewählt. 1957 verzichtete er aus Gründen auf eine erneute Kandidatur.