Als Gebhard I. von Waldburg aber katholischen Glauben abgefallen war wurde er am 22. Mai 1583 als dessen Nachfolger zum Erzbischof von Köln gewählt. Mit der Hilfe bayrischer und Truppen vertrieb er den abtrünnigen Gebhard I. Waldburg aus dem Erzstift Köln im so Kurkölnischen Krieg. 1584 wurde er noch zum Bischof von Münster gewählt. Im gleichen Jahr wurde in eine ständige päpstliche Nuntiatur eingerichtet.
Er war nun in Personalunion Bischof Freising Hildesheim Lüttich und Münster sowie Erzbischof von Köln . Man bezeichnete ihn daher auch als Schutzmacht des Katholizismus im Nordwesten des Reiches. In allen Diözesen ließ er den Protestantismus verfolgen.