Bereits 1913 verfasste er eine Studie über die Rehobother Bastards in der er die Mendelschen Vererbung von menschlichen Rassemerkmalen beweisen wollte. Zusammen mit Erwin Baur und Fritz Lenz verfasste er das Buch Grundriß der menschlichen Erblichkeitslehre und Rassenhygiene .
Fischer war von 1927 bis 1942 am Kaiser-Wilhelm-Institut für Anthropologie menschliche Erblehre und Eugenik in Berlin als Direktor tätig. In Funktion war er ein führender Befürworter der und damit in die Verbrechen der Nationalsozialisten