Als bekennender Gegner des Nationalsozialismus wurde Kogon 1936 und erneut im März 1937 von der Gestapo verhaftet die ihm unter anderem die Arbeit für antinationalsozialistische Kräfte außerhalb des Reichgebiets vorwarf. Im März 1938 erfolgte die dritte Verhaftung und im 1939 die Deportation in das KZ Buchenwald in dem Kogon sechs Jahre seines verbringen sollte.
1945 wurde Kogon direkt nach seiner Befreiung publizistisch tätig. Er war als freiwilliger Chronist die US Army im Camp King tätig und begann im selben Jahr sein Buch Der SS-Staat - Das System der deutschen das 1946 veröffentlicht wurde und noch heute als über die NS-Verbrechen gilt. Das Buch wurde mehrere Sprachen übersetzt und allein in deutscher über 500.000 mal verkauft.
Trotz dieser intensiven Auseinandersetzung mit der richtete Kogon seinen Blick in erster Linie vorn um am Aufbau einer neuen Gesellschaft - einer Gesellschaft die nach Kogons Überzeugung und Sozialismus verbinden sollte. Über diese Idee er schon im KZ Buchenwald mit Kurt gesprochen. Doch der schnelle Aufbau der SPD verhinderte die geplante Vereinigung von rechter Sozialdemokratie und Zentrum zu einer Partei der Arbeit nach dem Vorbild der britischen Labour-Partei .
Im September 1945 verfasste Kogon gemeinsam weiteren Persönlichkeiten unter ihnen auch der Publizist spätere Freund und Wegbegleiter Kogons Walter Dirks Frankfurter Leitsätze . In diesem Programm der Volkspartei forderten sie einen wirtschaftlichen Sozialismus auf demokratischer Grundlage und legten damit eine wichtige Grundlage das christlich-sozialistische Gründungsprogramm der hessischen CDU und damit auch für die Ende 1946 beschlossene hessische Landesverfassung die die Verstaatlichung von Schlüsselindustrien vorsah.
1946 gründeten Kogon und Dirks die Frankfurter Hefte eine links-katholisch geprägte Zeitschrift für Kultur und Politik. Die Frankfurter Hefte erreichten schnell eine für damalige Verhältnisse hohe Auflage von bis zu 75.000 Exemplaren waren bis 1950 eine der einflussreichsten gesellschafts- und kulturpolitischen der Nachkriegszeit .
Kogon wandte sich schnell von der Konrad Adenauers ab die von Gemeineigentum und Verstaatlichung Schlüsselindustrien nicht mehr viel wissen wollte und sich in zahlreichen Essays kritisch mit der Adenauer-Regierung auseinander. Er sich unter anderem gegen die Wiederbewaffnung Atomwaffen und den Irrsinn der Überrüstung .
Als eine Lehre dem Nationalsozialismus forderte auch früh eine Abkehr vom klassischen Nationalstaat setzte sich für den Aufbau einer europäischen Republik ein. Er engagierte sich unter anderem der Europäischen Union der Föderalisten (UEF) und der Europa-Union Deutschland deren erster Präsident er 1949 bis 1954 war. Alfred Grosser zählte ihn zu den drei eigentlichen Schöpfern von Europa .
1951 wurde Kogon zum Professor berufen auf den erstmals eingerichteten Lehrstuhl Politikwissenschaft an der Technischen Hochschule Darmstadt (heute TU). Er lehrte dort bis seiner Emeritierung 1968 . Später bescheinigte ihm der Hochschulpräsident Johann-Dietrich Er hat das moralische Gewissen der Universität heute geprägt .
Von Januar 1964 bis Januar 1965 war Kogon Leiter des ZDF -Politmagazins Panorama seit März 1964 zudem dessen Moderator.
Die Jahre vor seinem Tod verbrachte weitgehend zurückgezogen in Königstein im Taunus. Die hat eine Straße nach ihm benannt und seit 2002 den Eugen-Kogon-Preis für gelebte Demokratie . Erster Preisträger war der frühere polnische Wladyslaw Bartoszewski. 2004 wurde der Philosoph und Historiker Joseph geehrt.