In seiner Promotionsarbeit in Princeton konnte Dr. Shoemaker schlüssig zeigen dass Barringer Meteorkrater tatsächlich durch einen Meteoriteneinschlag entstanden ist. 1961 gründete er das Astrogeologische Forschungsprogramm des United States Geological Survey und auch dessen erster Direktor. Ferner war er den Lunar Ranger -Missionen sowie dem Training der amerikanischen Astronauten
Eugene Shoemaker starb 1997 bei einem in Alice Springs. Seine Asche wurde von Raumsonde Lunar Prospector auf den Mond gebracht.