Am 13. Mai 1903 wurde der Fußball-Klub "Carl Zeiß" Jena Nach mehreren Namensänderungen (u. a. 1. SV SG Stadion Jena; BSG Carl Zeiss Jena Motor Jena) wurde der Verein am 20. Januar 1966 als FC Carl Zeiss JENA neu
Zu DDR -Zeiten war der DDR-Oberligist ein sogenanntes Leistungszentrum da sich die SED -Führung von ihm internationale Werbung für den des Kombinats VEB Carl Zeiss Jena erhoffte. Zu Zweck wurden über viele Jahre Spieler anderer in den FCC "delegiert". In der DDR-Nationalmannschaft bis zu zehn Jenaer gleichzeitig. Georg Buschner zeitweilig in Personalunion Trainer des FCC und Nationalmannschaft. In Jena spielten Spieler von internationalem wie Peter Ducke Konrad Weise Hans-Ullrich Grapenthin.
Größter Erfolg der Vereinsgeschichte ist das des Finales im Europapokal der Pokalsieger im Jahre 1981 welches gegen Dynamo Tbilissi in Düsseldorf mit 1:2 verloren ging. Insgesamt bestritt FC Carl Zeiss 87 Europa-Cup-Spiele.
Nach der Wiedervereinigung Deutschlands qualifizierte sich der Club in letzten DDR-Oberliga-Saison 1990/91 mit Platz Sechs für 2. Fußball-Bundesliga . 1994 stieg der Verein in die Nordost ab und in der Folgesaison sofort auf. 1998 - der erneute Abstieg aus zweiten Liga dem 2001 der Abstieg in NOFV- Oberliga (Staffel Süd) folgte aus der bisher Wiederaufstieg noch nicht gelang.
Heimstätte des FC Carl Zeiss ist Ernst Abbe -Sportfeld das bis zu 12.000 Zuschauer fasst. FC Carl Zeiss JENA nimmt in der Gesamttabelle der DDR-Oberliga den ersten Platz ein. Vereinsfarben sind Blau Gelb und Weiß.