Ferdinand II. war Sohn des Erzherzogs von Kärnten und Steiermark und der Maria Bayern und stammte damit ursprünglich aus einer der Habsburger in Innerösterreich ( Steiermark Kärnten und Krain ).
Nach dem Tod seines Vaters ( 1590 ) übergab seine streng katholische Mutter die des Knaben den Jesuiten in Ingolstadt die ihm einen unversöhnlichen Haß gegen Protestantismus einflößten so daß er zu Loreto dem Altar der Mutter Gottes freiwillig das Gelübde ablegte den Katholizismus um jeden Preis wieder zur allein Religion in seinen Staaten zu machen.
Seit 1595 führte er selbst die Regierung in und baute seine Residenz Graz aus. In innerösterreichischen Ländern wurde die Gegenreformation mit großer Härte durchgeführt; Ferdinand wird Spruch zugeschrieben: Besser eine Wüste regieren als ein Land Ketzer .
Dem Herzog Maximilian gab Ferdinand zum für die ihm geleistete Hilfe die Kurfürstenwürde nebst der Oberpfalz nachdem er Friedrich einseitig und im mit den Bestimmungen der Reichsverfassung seiner Würde seiner Lande verlustig erklärt hatte.
Um diese Acht zu vollstrecken ließ er spanische und Truppen in die Rheinpfalz einrücken und in den besetzten Gebieten Protestantismus gewaltsam unterdrücken wodurch der Religionskrieg nach gelangte. Die rücksichtslose Durchführung des geistlichen Vorbehalts die Wiederherstellung der katholischen Stifter durch Tilly den niedersächsisch-dänischen Krieg hervor für den Ferdinand eigenes kaiserliches Heer unter Wallenstein aufstellte. Die von Mecklenburg welche dem König Christian IV. von Dänemark gegen Tilly und Wallenstein Hilfe geleistet entsetzte er ihrer Länder und belehnte damit
Zwar scheiterte sein Plan sich der auf der Ostsee zu bemächtigen an dem erbitterten Widerstand Stralsund der Belagerung durch Wallenstein entgegenstellte. Dennoch er ganz Deutschland seiner Macht unterworfen und erließ nicht nur um den Protestantismus gänzlich vernichten am 6. März 1629 das Restitutionsedikt sondern suchte auch durch zahlreicher Bistümer an österreichische Erzherzöge und durch Beschränkung fürstlichen Unabhängigkeit durch die Wallensteinschen Heere eine Militärmonarchie in Deutschland zu begründen.
Daraufhin erhoben sich jedoch seine bisherigen die Fürsten der Liga gegen ihn und ihn 1630 auf dem Reichstag in Regensburg zur Entlassung Wallensteins und zur Verminderung kaiserlichen Truppen. Die gleichzeitige Landung Gustav Adolfs in Pommern entriß Ferdinand mit einemmal alle errungenen und zwang ihn um seine Erblande zu zu einem demütigenden Vertrag mit Wallenstein. Wallenstein 1634 ermordet und der Verdacht Ferdinand habe Ermordung Wallensteins befohlen taucht bis heute immer auf.
Ferdinands Heer erstritt Anfang September 1634 wichtigen Sieg in der Schlacht bei Nördlingen ; jedoch suchte er nun durch Zugeständnisse die evangelischen Fürsten dem Krieg ein Ende machen und schloß zu diesem Zweck 1635 den Prager Frieden in dem er auf die Durchführung Restitutionsediktes verzichtete.
Ferdinand konnte noch die Wahl seines zum König erreichen und am 15. Februar starb er in Wien.
Ferdinand war von kleiner gedrungener Gestalt und freundlich gegen seine Umgebung; seine Gutmütigkeit oft in Schwäche namentlich gegenüber gewissenlosen Beamten durch seine maßlose Freigebigkeit zerrüttete er trotz einfachen Lebensweise seine Finanzen; er war fleißig gewissenhaft in der Erfüllung seiner Regentenpflichten aber in seinen Meinungen und ganz abhängig von Räten und Beichtvätern. Der Kirche und ihren war er mit Fanatismus ergeben und der der katholischen Religion über die Ketzer sein Ziel.