Im Jahr 1595 wurde er Fürstpropst in Berchtesgaden und Koadjutor des Erzbistums Köln. Erzbischof Ernst von Bayern zog sich darauf hin aus fast Amtsgeschäften des Erzbistums zurück und überlies die seinem Koadjutor. Es hieß dass Ferdinands Vater Bruder Maximilian den Onkel dazu gedrängt hatten sein Lebenswandel nicht der katholischen Restauration entsprach.
1612 verstarb sein Onkel Ernst von Bayern war nun der Weg für Ferdinand frei er wurde Erzbischof von Köln und Bischof von Münster Lüttich und Hildesheim 1618 auch Bischof von Paderborn . Er erhielt jedoch nie die Priester- oder Bischofsweihe. Als Erzbischof von Köln er den katholischen Glauben in seinen Diözesen durch die Unterstützung von Reformorden und die Umsetzung der Beschlüsse des Konzils von Trient zu fördern. Er hoffte durch Erhebung Bruders Maximilian zum Kaiser der katholischen Kirche dem bayrischen Haus in Deutschland zugleich zum zu verhelfen; doch lehnte Maximilian die Kaiserkrone
Nach Ausbruch des Dreißigjährigen Kriegs 1618 schloß sich Ferdinand der Katholischen Liga an. Mit Hilfe Spaniens sicherte er längere Zeit sein Territorium Kriegsgefahr von der es aber seit Ankunft Schweden in Deutschland auch hart betroffen wurde. zum Ende des Kriegs war das Territorium Tummelplatz schwedischer französischer kaiserlicher und spanischer Kriegshaufen.
Während seiner Amtszeit ließ er einen Schrein für die Gebeine des Erzbischofs Engelbert von Berg anfertigen. 1642 wurde sein Neffen Maximilian Heinrich von Bayern der Sohn seines jüngeren Bruders Albrecht des Erzbistums Köln.
Ferdinand verstarb am 13. September 1650 Arnsberg (Westfalen) er wurde vor der Dreikönigenkapelle Inneren des Kölner Doms beigesetzt.