Als erster demokratisch gewählter Präsident Brasiliens 29 Jahren verbrachte er die ersten Monate Amtszeit mit der Bekämpfung der Inflation die zeitweise 25% monatlich erreichte. Er dies mit radikalen Mitteln: Er beschlagnahmte alles die Menschen erspart hatten unter dem Motto Kein Geld keine Inflation ein Konzept das allerdings nicht aufging.
Im Jahr 1992 wurde Collor von Bruder Pedro der Korruption bezichtigt. Dies führte Untersuchungen durch Kongress und Presse. Die dichter Beweise für Bestechlichkeit und Veruntreuung von Staatsmitteln zu Massendemonstrationen und Unruhen in den großen Brasiliens. Im Oktober des gleichen Jahres stimmte Kongress dafür Collor abzusetzen.
Am 29. Dezember 1992 während ein Amtsenthebungsverfahren gegen ihn lief Collor zurück. Verfassungsmäßig wurde der Vizepräsident Itamar sein Nachfolger.
Im Dezember 1994 wurde er durch obersten Gerichtshof von allen Korruptionsvorwürfen freigesprochen aber blieb von öffentlichen Ämtern für 8 Jahre
Er kandidierte für das Bürgermeisteramt der São Paulo jedoch ohne Erfolg da er durch Wählerschaft nach wie vor mit Korruption in gebracht wird. Ebeso kandidierte er im Jahr für das Gouverneursamt in seinem Heimatstaat Alagoas aber verlor die Wahl abermals. Somit im Jahr 2003 seine politische Zukunft ungewiß.