Am 27. März 2002 wurde Gerster Nachfolger von Bernhard Jagoda Leiter der Bundesanstalt für Arbeit in Nürnberg die 2004 in Bundesagentur für Arbeit umbenannt wurde. Gerster hatte den Job angenommen nachdem sein Gehalt verdoppelt wurde. Außerdem durch ihn das Spesenkonto des Vorstands verdoppelt.
Im November 2003 geriet er wegen eines PR -Auftrags in Höhe von 1 3 Millionen der nicht ausgeschrieben wurde in die Schlagzeilen. Januar 2004 wurden Verträge mit fünf Beraterfirmen und Gesamtvolumen von 38 Millionen bekannt. Am 20. Januar 2004 wurden die Vorwürfe laut Gerster veranlasst haben dass interne Protokolle der Behörde wurden um die Affäre zu vertuschen. Obwohl ein interner Revisionsbericht am Vortag entlastete entzog am 24. Januar 2004 der Verwaltungsrat der Bundesagentur mit der Vorsitzenden Ursula das Vertrauen mit 20 zu 1ner Stimme; halbe Stunde später wurde Florian Gerster vom Bundesminister für Wirtschaft und Arbeit Wolfgang Clement entlassen.