1682 gründete der Kreis um Schütz "Teutsche Landcompagnie" die Pastorius 1683 nach Nordamerika entsandte um in Pennsylvania für die Gesellschaft Land zu kaufen. 6. Oktober 1683 trafen statt der Freunde aus eine Gruppe von Quäkern und Mennoniten aus Krefeld in Philadelphia ein organisierte Pastorius den für diese Gruppe aus dreizehn Familien. Im der Ankunft wurde umgehend die Siedlung Germantown die erste deutsche Ansiedlung in Nordamerika. Pastorius fortan als Bürgermeister Stadtschreiber und Schullehrer.
Am 18. Februar 1688 initiierte Pastorius den ersten Protest gegen Sklaverei in Amerika. Er war befreundet mit William Penn dem Gouverneur von Pennsylvania der ihm Mitgliedschaft in der Assembly von Pennsylvania ( 1687 - 1691 ) und die Leitung der höheren Quäkerschule Philadelphia ( 1698 - 1700 ) vermittelte.
Pastorius war von seinen Neigungen her Politiker sondern eher Gelehrter. Er war Autor Schriften u.a. einer vielgerühmten Beschreibung von Pennsylvania dem Jahr 1700 und gilt als Universalgelehrter des Barockzeitalters den es in die Idylle der Wildnis gezogen hat.