San Marco war einer der führenden im damaligen musikalischen Leben und Gabrielis Tätigkeit machte ihn zu einem der bedeutendste Komponisten Wie andere Komponisten vor ihm nutzte er besonderen Gegebenheiten der Kirche mit ihren zwei Galerien um ungewöhnliche räumliche Effekte zu schaffen sind einige seiner Werke so gestaltet dass linke Chor eröffnet und der rechte Chor erwidert.
Gabrieli gilt als eine der wichtigen an der Schnittstelle zwischen Renaissance und Barock . Seine Arbeiten machen bereits früh Gebrauch basso continuo und in der Sonata pian e forte finden sich einige der frühesten dynamischen Kennzeichnungen (d.h. Markierungen zum jeweiligen Einsatz Lautstärke in der Musik). Später erlangte er Bedeutung als Lehrer von bedeutenden Komponisten wie Michael Praetorius und insbesondere Heinrich Schütz .
Von seinen Arbeiten erschienen die ersten einer 1575 zu Venedig herausgekommenen Sammlung weitere in 1587 ebenfalls in Venedig von ihm veröffentlichten von Gesängen seines Onkels Andrea Gabrieli .
Sein Hauptwerk aber sind die "Symphoniae sacrae" (erschienen in zwei Teilen 1597 und 1615 ) die vor allem dadurch grosse Bedeutung dass sie neben zahlreichen Gesängen auch einige vielleicht die älteste Orchestermusik enthalten.
Außerdem veröffentlichte er 1593 - 1595 drei Sammlungen von Orgelstücken ( "Intonazioni e ricercari" ).