Im innerkirchlichen Bereich beauftragte er 1230 Raimund von Pennaforte mit der Schaffung neuen einheitlichen Kirchenrechtsbuches das fast 700 Jahre lang - 1918 - gültig blieb.
Den Schwerpunkt seines Pontifikats bildete aber Konflikt mit Kaiser Friedrich II. . Als der Kreuzzug von 1227 wegen Krankheit abgebrochen wurde der Papst den Kaiser mit dem Bann. änderte auch die Tatsache nichts dass Friedrich 1229 Jerusalem einnahm und sich dort zum König ließ - der Patriarch von Jerusalem belegte heiligen Stätten Jerusalems da Friedrich noch immer war mit dem Interdikt . Erst 1230 löste Gregor den Bann.
1239 brach eine neue Auseinandersetzung aus als wieder gebannt wurde. Gregor glaubte der Kaiser Rom beherrschen. Nach dem Bann zog Friedrich tatsächlich nach Italien wo er den Kirchenstaat besetzte und Rom belagterte. Erst als Gregor am 22. August 1241 starb wurde die Belagerung beendet.