Angeblich stammt Alijew aus einer Arbeiterfamilie. kann aber auch eine seinen Anhängern zugeschriebene Legendenbildung sein. Die Aussagen seiner Anhänger und Gegner gehen so sehr auseinander dass selbst offizielle Biographie angezweifelt wird.
Nach Abschluss eines Studiums der Geschichte der Staatlichen Universität von Aserbaidschan begann Alijew 1941 seine Karriere in verschiedenen Ämtern der Republik Nachirtschewan. Ab 1944 arbeitete er für den KGB 1967 wurde er als erster Aserbaidschaner Chef des KGB in Aserbaidschan. Im Juli 1969 wurde er zum Ersten Sekretär des der KPdSU in Aserbaidschan gewählt. Im Dezember 1982 verließ er dieses Amt um - einer von wenigen Nichtrussen - wichtige Ämter der Sowjetregierung in Moskau zu übernhemen. Von Leonid Breschnew gefördert wurde er stellvertretender Präsident des der Sowjetunion und Mitglied des Politbüros . 1987 musste er Politbüro und Ministerrat verlassen er die Reformpolitik Michail Gorbatschows nicht unterstützte.
Nach der Unabhängigkeitserklärung Aserbaidschans wandte er von der kommunistischen Ideologie ab und trat 19. Juli 1991 aus der KP aus. Die aserbaidschanische löste sich in der Folgezeit auf und sich in Volksfront Neues Aserbaidschan (Yeni Azärbaycan) um; Alijew wurde deren Vorsitzender. Von 1991 bis 1993 war er ausführender Vizepräsident des Obersten Aserbaidschans. Am 3. Oktober 1993 wurde er zum Präsidenten von gewählt und folgte Abulfas Eltschibej nach der einer Militärrebellion zurückgetreten war. Er verfolgte nun nationalistische Politik und akzeptierte etwa Russisch nicht mehr als zweite Amtssprache . Am 11. Oktober 1998 wurde er in einer umstrittenen Wahl
Während seine Anhänger von einer Blütezeit aserbaidschanischen Staates unter Alijew sprechen meinen seine dass seine Regierung "dem Volk als schwerste im Gedächtnis bleiben wird". Sie werfen ihm eine "Trajbokratie" - eine Herrschaft der Stämme - errichtet und für sich und Clan unheimliche Reichtümer angehäuft zu haben während Großteil des Volkes in Armut lebt. (Unter versuchte Alijew die schwierige Gradwanderung einer guten Aserbaidschans mit dem politisch isolierten Iran der westlichen Türkei und USA sowie die Beibehaltung der alten Beziehung Russland . Ferner baute er einen betont türkisch-aserbaidschanischen Nationalismus auf in dem Gejdar der türkischen und Kultur der Republik der russischen dem gab - seinen eigenen Namen "türkisierte" er nicht!)
Um seinem Clan die Macht zu machte Alijew als sich seine Gesundheit verschlechterte Sohn Ilham zum Ministerpräsidenten. In einer vorbereiteten die er im Oktober 2003 verlesen ließ er ihn als "würdigen Nachfolger" im Präsidentenamt aussichtsreiche Kandidaten der ihm nahestehenden Parteien ihre zurückzogen und Ilcham zum Präsidenten gewählt werden
Am 12. Dezember 2003 starb Gejdar nach viermonatigem Aufenthalt in einer Herzklinik in