Die erste Besiedlung geht zurück auf Illyrer und Kelten auf dem Braunsberg. Außerdem liegt die im Einzugsgebiet des ehemaligen Carnuntum der römischen Hauptstadt in der auch Marc Aurel residiert hat.
Kaiser Heinrich III. Verfügte um 1050 auf dem Schlossberg die Heimenburg zu Erbaut wurde sie schließlich von Bischof Gebhard Regensburg Herzog Konrad von Bayern und Markgraf von Babenberg.
Mit seinen 2 5 km langen 3 erhaltenen Toren und 15 Türmen aus 13. Jahrhundert besitzt Hainburg eine der ältesten am besten erhaltenen Stadtbefestigungen Europas
In der zweiten Hälfte des 12. wird die Burg durch das Lösegeld für Richard Löwenherz erweitert. Um 1220 - 1225 wird die Befestigungsanlage noch verstärkt. Unter wird das Wienertor und damit das größtes Stadttor Europas gebaut. Der untere Teil wurde der ersten Hälfte des 13. Jhd. gebaut obere Teil 1267 /68 durch Ottokar von Böhmen .
1278 Ottokar verliert die Schlacht von Dürnkrut. Burg kommt in den Besitz der Habsburger . Diese verpfänden die Burg an verschiedene Die Stadt wird vernachlässigt und verliert dadurch Bedeutung.
11. Juli 1683 Im ?zweiten osmanischen Feldzug? ( 2. Türkenkrieg ) wird die Stadt eingenommen und gänzlich die Burganlage und Befestigungsanlagen erleiden starke Schäden der wenigen Überlebenden in der Stadt ist Großvater von Joseph und Michael Haydn .
1709 Graf Löwenberg setzt die Burgkapelle instand. Joseph II. (HRR) siedelt in der Stadt eine Tabakmanufaktur an und begründet damit die Tabakfabrik Hainburg die bis heute noch Zigaretten und erzeugt. Damit wird die Stadt nahezu neu
Im 19. Jhd. wird Hainburg auch Garnisonsstadt in der Offiziersanwärter ausgebildet werden.
Im 20. Jhd. wurde die Stadt dem Ersten Weltkrieg zur östlichsten Stadt Österreichs.
Im Zweiten Weltkrieg blieb die Stadt nahezu verschont von Als trauriger Höhepunkt führte der Marsch der Juden 1945 durch Hainburg.
Nach dem Krieg bildete die Tabakfabrik eine der ganz wenigen Einnahmequellen für die Republik (im Rumpfjahr 19545 wurde mehr als Hälfte der Steuereinnahmen durch die Tabaksteuer bestritten!). von der Sowjetarmee besetzt wurde Hainburg auch erste Anlaufstelle die deutschsprachige Bevölkerung in der Slowakei und Ungarn .
In den Sechziger Jahren wurde eine auf den Baunsberg gebaut der ab diesem zur Aussichtswarte ? Eiserner Vorhang ? wurde.
Ab 1975 wird die die alte Burganlage sukzessiv aufgebaut.
1984 wollte die damalige DOKW (heute Teil Verbund-Konzerns) ein Kraftwerk in der Hainburger Au der nördlichen Seite der Donau errichten. Die waren so massive das nach der Besetzung Waldes und einer Auseinandersetzung mit den Einsatzkräften Polizei und Gendarmerie die Bundesregierung das Projekt zurückzog. (siehe Besetzung der Hainburger Au )