Der Sohn eines Schiffbauers emigrierte 1915 seinem Schulabschluss nach Norwegen da er als Pazifist dem 1. Weltkrieg entgehen wollte. Nach Rückkehr nach Hamburg 1918 versucht er 1919 mit seinem Lebensgefährten Gottlieb Friedrich Harms eine Agrarkommune namens UGRINO zu gründen die Pläne allerdings. Im gleichen Jahr veröffentlicht er sein Drama Pastor Ephraim Magnus für das er 1920 mit dem der Weimarer Republik renommierten Kleist-Preis ausgezeichnet wird. Von 1922 bis zum seines Amtes 1933 bestritt Jahnn seinen Lebensunterhalt als amtlicher Orgelsachverständiger und Orgelbauer und verfasste dazu sowohl den größten Teil seines dramatischen als auch den (unvollendet gebliebenen) Roman Perrudja .
Obwohl sein Verhältnis zum Nationalsozialismus von Ambivalenz auf Gegenseitigkeit geprägt war war u.a. Mitglied der Reichsschrifttumskammer konnte ungestört veröffentlichen und blieb von Nationalsozialisten unbehelligt) emigrierte er 1933 in die und erwarb 1934 den Bauernhof Bondegaard auf Bornholm in Dänemark den er bis 1950 bewirtschaftete. Auf verfasste er auch den größten Teil seines Fluß ohne Ufer einer gewaltigen Trilogie von über 2000 deren letzten Band Epilog er nicht abschloss. 1950 kehrte er nach Hamburg und setzte sich vor allem die Entwicklung von Atombomben und die Wiederbewaffnung der Bundesrepublik ein. 1956 reiste er Moskau 1959 verstarb er in Hamburg an Herzinfarkt . Sein letzter wiederum unvollendeter Roman Jeden ereilt es erschien erst posthum 1968 die Erzählung Die Nacht aus Blei ein Auszug daraus erschien bereits 1956.
Im Zentrum von Jahnns Werk steht die existentielle Angst vor dem Dasein die Menschen unauflöslich bleibt und nur vom Eros der Liebe konterkariert werden kann. Der Verlust Liebe und Sexualität ist daher immer ein Sturz in fundamentale Qualen über die reine hinaus. Diesen Pessimismus ergänzt Jahnn durch eine fast heidnische Ästhetik welche sich gegen die zugunsten eines archaischen Mythos erhebt.
Mit seinem Werk ist Jahnn eine Erscheinung in der deutschen Literatur und lässt keiner Bewegung zuordnen. Die spätexpressionistischen Elemente in Frühwerk überwand er schnell zugunsten eines originären in der Art eines "magischen Realismus".