Das Gebiet der späteren Gemeinden Heiden und Lutzenberg gehörte ursprünglich zum Hof Thal der ein Lehen des Bistums Konstanz war seit dem 12. Jahrhundert "Vogtei Rheineck" genannt wurde.
Im Gefolge der Appenzeller Freiheitskriege zu des 15. Jahrhunderts setzte eine Entwicklung ein während der das Gebiet der späteren Gemeinden Heiden Wolfhalden Lutzenberg vom Verband des Hofes Thal löste. Gebiet ("die Leute vom Berg") bildete seither östlichen Teil des Landes Appenzell den Kurzenberg.
Die ersten urkundlichen Nennungen des Namens - "Heiden" abgeleitet von " Heide " = "unbebautes Land" - erschienen 1512 1536 und 1540 . Das Gebiet der heutigen Gemeinde Heiden aber schon im 14. und 15. Jahrhundert gemacht.
Der Kurzenberg war - entsprechend seiner politischen Zugehörigkeit - nach Thal kirchgenössig. 1529 nahm das Gebiet die Reformation an. 1652 lösten sich Heiden und Wolfhalden wegen langen Kirchweges von der Mutterkirche Thal und eigene Gotteshäuser. Damit zerfiel der Kurzenberg in drei selbstständigen Gemeinden Heiden Wolfhalden und Lutzenberg kirchlich bei Thal verblieb).
Am 7. September 1838 vernichtete ein verheerender Dorfbrand von einem Föhnsturm begünstigt 129 Gebäude samt der Kirche Dorfkern und den nördlichen Gemeindeteilen. Innerhalb zweier entstand das Dorf neu in regelmässiger klassizistisch-biedermeierlicher
Ab 1848 entwickelte sich Heiden zum Molkenkurort . Das Wirken des Augenarztes Albrecht von und des Neurologen Heinrich Frenkel machte Heiden 1860 zu einem der berühmtesten Kurorte Europas. Die Glanzzeit des Kurortes endete dem Ausbruch des 1. Weltkrieges 1914 . Seit dem Ende des 2. Weltkrieges 1945 erlebt Heiden als Kur- und Ferienort Renaissance.
Ab 1850 wurden auf den ausgebauten Strassen Reisepostverbindungen Die erste Linie führte über Grub nach St. Gallen . Weitere Verbindungen entstanden nach Rheineck Trogen Oberegg und ins Rheintal . Ab 1906 löste das Postauto die Pferdekutschen ab. 1875 schloss die Rorschach-Heiden-Bergbahn (RHB) die einzige Zahnradbahn am Bodensee Heiden an das schweizerische in Rorschach an.
1874 nahm das vorderländische Bezirkskrankenhaus das heutige Spital seinen Betrieb auf. Hier verbrachte Henri Dunant der Gründer des Roten Kreuzes von 1887-1910 die letzten 23 Lebensjahre.
1902 wurde die erste katholische Kirche in gebaut die 1963 einem Neubau wich. 1936 fiel die evangelische Kirche erneut einer zum Opfer. Der Wiederaufbau bewahrte das klassizistische der Innenraum wurde von der Quer- zur
Zur allgemein verbreiteten Gras- und Milchwirtschaft sich im unteren Gemeindeteil schon früh der der heute allerdings wieder verschwunden ist. Ebenso früher auf dem Gemeindegebiet Getreide angebaut. Das entwickelte sich zu grosser Blüte. Weberei- und zunächst aus Leinen dann aus Baumwolle und wurden hergestellt. Die Tradition der Seidenweberei hat bis heute in einem grossen Industriebetrieb erhalten.