Ab 1954 arbeitete er beim Deutschen Schriftsteller-Verband (DSV) wurde 1957 Redakteur der Zeitschrift "Junge Kunst" in Zeit erfolgte die Erstaufführung seines Stückes "Zehn die die Welt erschütterten". Er wurde ab 1958 Mitarbeiter am Maxim Gorki-Theater Berlin und Autor. 1958 erfolgte die Erstaufführung von "Der Lohndrücker" "Die Korrektur".
"Die Umsiedlerin" wurde 1961 uraufgeführt und sogleich abgesetzt Müller wurde dem Schriftstellerverband ausgeschlossen.
1964 schrieb er "Die Umsiedlerin" um ( 1976 Aufführung).
Die SED kritisierte 1965 Müller und ließ die Aufführung von Bau" absetzen.
1967 wurde "Ödipus Tyrann" uraufgeführt. Müller heiratete Tscholakowa.
Müller wurde 1970 Dramaturg am Berliner Ensemble . Das in der DDR verbotene Stück wurde 1975 in den USA uraufgeführt 1980 Köln. "Germania Tod in Berlin" wurde 1978 an den Münchner Kammerspielen uraufgeführt; 1979 die "Hamletmaschine" wird in Essen. 1982 wird "Der Auftrag" in Bochum inszeniert
1988 wird Müller wieder in den DDR-Schriftstellerverband
Er tritt am 4.11. 1989 bei der großen Kundgebung auf dem Alexanderplatz als Redner auf.
Frankfurt/Main veranstaltet 1990 das Festival "Experimenta" zu seinen Ehren. wird Präsident der Akademie der Künste der bzw. der Akademie der Künste Berlin und mit dem Kleist-Preis 1990 und dem Europäischem Theaterpreis 1991 ausgezeichnet.
Ab 1992 ist er in der Leitung des Berliner Ensembles . Er heiratet die junge Fotografin Brigitte Mayer mit der er die gemeinsame Tochter hat.
1993 inszeniert Müller erfolgreich in Bayreuth die Oper "Tristan und Isolde". Seine letzte Inszenierung auf Anregung seines Intendantenkollegen Peter Zadek Brechts Ui" (Premiere Juni 1995 mit Martin Wuttke der Hauptrolle).
1995 Heiner Müller stirbt am 30. Dezember Berlin an Krebs. Er wohnt zuletzt mit und Anna in einer umgebauten Fabriketage in Berlin-Kreuzberg . Die einfachen Menschen in seiner Nachbarschaft ihn als bescheidenen hilfsbereiten und kinderlieben Mann. Grab befindet sich auf dem Dorotheenstädtischen Friedhof in Berlin-Mitte in der Nähe seines Lehrers Bertolt Brecht .
1997 Bei den jährlichen Krawallen am 1. Mai in Kreuzberg wird sein hinterlassenes Auto Mariannenplatz von Unbekannten als Barrikade verwendet und aus.