Schon während seiner Schulausbildung veröffentlichte Brugsch 1848 seine erste Schrift "Scriptura Aegyptiorum demotica" die König Friedrich Wilhelm IV. und Alexander von Humboldt aufmerksam wurden. Er nahm seine Studien Philologie und Archäologie in Berlin auf und nach dem Abschluss auf Kosten des Königs wissenschaftliche Reise nach Ägypten unternehmen ( 1853 ). Hier traf er auf den französischen Auguste Mariette der bei Memphis Ausgrabungen durchführte. Nach seiner Rückkehr habilitierte sich und wurde Privatdozent sowie Assistent am Ägyptischen Museum Berlin .
Eine zweite Reise führte ihn 1857 1858 wieder nach Ägypten.
In amtlicher Eigenschaft begleitete er eine Gesandtschaft unter dem Freiherrn von Minutoli nach Persien ( 1860 bis Juni 1861 ). 1864 begründete Brugsch die Zeitschrift für Sprache und Altertumskunde in Berlin bevor er Herbst 1864 zum preußischen Konsul in Kairo ernannt wurde.
1868 kehrte Brugsch nach Deutschland zurück und in Göttingen eine Professur für Ägyptologie. Bereits 1870 er einem Ruf des Vizekönigs von Ägypten Leitung der in Kairo errichteten "Ecole d'Égyptologie" übernehmen. 1873 wurde er in den Rang Bei erhoben. Nachdem der Vizekönig Ismael Pascha wurde kehrte Brugsch 1876 wieder nach Deutschland Verschiedene Reisen führten ihn des weiteren nach (dort war er auch Legationsrat der deutschen am Hofe des Schah ) nach Ägypten und in die Libysche Wüste .