Der Sohn Herzogs Ottos II. und welfischen Rheinpfalzgräfin Agnes von Braunschweig wurde schon 1247 mit Elisabeth von Ungarn der Tochter Belas IV. verlobt. 1254 nach dem Tod seines Vaters übernimmt gemeinsam mit seinem Bruder Ludwig II. die Regierung Bayerns und der Pfalz. das Reichsrecht teilten sie 1255 das Land Heinrich bekam das größere und fruchtbarere Niederbayern und verzichtete damit auf Pfalz die zusammen mit Oberbayern der Herrschaftsbereich wurde.
Er zog sich damit auch den der Bischöfe in seinem Landesteil zu die zur eben neu geschaffenen böhmisch-österreichischen Monarchie Ottokars II. von Böhmen gehörten. So schloss der Passauer Bischof Otto von Lonsdorf 1257 mit Ottokar II. ein Schutz- und gegen die bayerischen Herzöge.
Kurz darauf im August 1257 drang böhmische König nach Niederbayern ein und rückte bis Altfraunhofen südlich der Residenzstadt Landshut vor. Mit Unterstützung seines Bruders konnte Ottokar 1258 bei Mühldorf am Inn zurückschlagen.
Die Einigkeit zwischen den Brüdern war Zeit später dahin und es gab ständige und Kriege zwischen ihnen.