Seit 1971 ist Heinz Fischer Mitglied des österreichischen Nationalrates 1975 wurde er Klubobmann der SPÖ. Zwischen 1983 und 1987 war er Wissenschaftsminister in einer Koalition Kanzler Fred Sinowatz danach wieder Klubobmann der SPÖ. 1990 wurde er zum Ersten Nationalratspräsidenten gewählt übte dieses Amt bis 2002 aus. Bis zur Wahl zum Bundespräsidenten er zweiter Nationalratspräsident.
Im Januar 2004 wurde seine Kandidatur für das Amt österreichischen Bundespräsidenten als Nachfolger von Thomas Klestil im Juli 2004 bekannt gegeben. Am März legte Dr.Heinz Fischer der unter anderem des Bundesparteivorstandes und stellvertretender Parteivorsitzender der SPÖ seine Parteifunktionen vorläufig nieder. Die Gegenkandidatin Benita Ferrero-Waldner wurde von der ÖVP unterstützt. Die Wahl am 25. April gewann Fischer mit 52 4 Prozent Stimmen. Am 8. Juli wird Dr. Heinz Fischer als 8. der zweiten Republik vereidigt.
Heinz Fischer ist seit 1968 mit seiner Frau Margit verheiratet und zwei erwachsene Kinder. Fischer ist begeisterter Bergsteiger und langjähriger Präsident der österreichischen Naturfreunde .