Als Trainer trainierte er von 1952 bis 1956 die Auswahl des damals selbständigen Saarlands . Mit dieser Mannschaft traf er in Qualifikation zur Fußballweltmeisterschaft 1954 auf die Deutsche Nationalmannschaft.
Schön war Trainer bei zwei der Fußballspiele einer Deutschen Nationalmannschaft . Seine Mannschaft unterlag 1966 im WM- Endspiel England durch das Wembley-Tor dem umstrittensten Tor der Fußballgeschichte mit und 1970 Italien im Halbfinale der WM Mexiko nach Verlängerung mit 3:4.
Bereits vor der Fußballweltmeisterschaft 1978 gab Schön bekannt dass er nach der WM wird und sein Assistent Jupp Derwall sein Nachfolger wird. Leider kam es der 2:3 Niederlage in Cordoba gegen Österreich und dem damit verbundenen Ausscheiden bei WM 1978 zu einem nicht gelungenen Abschied Helmut als Bundestrainer.