Als Mitglied des SDS wurde er 1960 aus der SPD ausgeschlossen und schloss sich später der APO an. Ab 1970 war er Mitglied der RAF und im selben Jahr am 8. Oktober festgenommen. Anwaltlich vertreten wurde er damals heutigen Innenminister Otto Schily .
1974 wurde Mahler während er eine Freiheitsstrafe wegen Bankraubs und Gefangenenbefreiung verbüßte aufgrund theoretischer Differenzen Baader aus der RAF ausgeschlossen. 1980 wurde Mahler vorzeitig aus der Haft und 1987 nach einer Entscheidung des Bundesgerichtshofs wieder als Anwalt zugelassen. In diesem zur Wiederzulassung wurde Mahler vom heutigen Bundeskanzler Gerhard Schröder anwaltlich vertreten.
2001 bis 2003 wurde er vor allem durch die Vertretung der NPD mit der er nun sympathisiert und deren intellektuellen Köpfen er nun gehört im NPD-Verbotsverfahren erneut bekannt. Mahler vertritt seit seiner vom Links- zum Rechtsextremisten antisemitische Positionen.
Seit Februar 2004 steht Mahler zusammen Reinhold Oberlercher und Uwe Mennen die zusammen Deutsche Kolleg bilden in Berlin vor Gericht. Anklage lautet auf Volksverhetzung. Grund war ein Oktober 2000 von den drei publizierter Aufruf "Aufstand der Anständigen" in dem unter anderem Verbot der jüdischen Gemeinden in Deutschland die aller Asylbewerber "aller arbeitslos gewordenen Ausländer" sowie Reihe von weitergehenden drakonischen Maßnahmen gefordert wurde.
Am 8. April erteilte das Amtsgericht Mahler ein vorläufiges Berufsverbot nachdem er während Prozesses den Richtern den Schöffen und dem die "Todesstrafe" nach dem "Reichsstrafgesetzbuch" angedroht hat. Todesdrohungen gingen an die Abgeordneten des deutschen und zwei Anwälte der Partei "Die Grünen".
Friedrich Paul Heller Anton Maegerle: Die Sprache Hasses: Rechtsextremismus und völkische Esoterik: Jan van Horst Mahler...: Schmetterling-Verlag Stuttgart 2001
Kurzinformation zum "Deutschen Kolleg" aus dem Verfassungsschutzbericht 2002 ( als PDF-Datei ) S.93: Die Agitation des "Deutschen Kollegs" ist geprägt einem aggressiven Antisemitismus und Rassismus. Menschenverachtend und äußerte sich OBERLERCHER in dem auf der des "Deutschen Kollegs" verbreiteten Pamphlet "Menschenfresser in Pisa-Land".