Aiken studierte an der University of Chicago der Wisconsin University und in Harvard wo er 1937 den Grad eines (Master of Art) und 1939 den eines Ph.D. (Doctor of Philosophy) erwarb. Nach einigen der Tätigkeit in der Elektroindustrie wurde er einen Lehrstuhl nach Harvard gerufen wo er 1941 bis 1946 Mathematik lehrte und Direktor des Laboratoriums für wurde.Die damals eingesetzten Maschinen von Hollerith konnten nur mit positiven Zahlen rechnen sie für den wissenschaftlichen Einsatz unbrauchbar machte. konstruierte Aiken von 1939 bis 1944 mit Grace Hopper die den Computer programmierte und zwei Mitarbeitern den ersten digitalen Großrechner der Welt A utomatic Sequence Controlled Calculator (ASCC). Er wurde später in Harvard Mark I umbenannt.Dieser imposante 17 m lange und 50 m hohe Koloss ging in die der Computertechnik ein. Mark I bestand aus Einzelteilen darunter 3000 Kugellager und 80 km Aiken verwendete als Rechenelemente und zum Speichern angetriebene dekadische Zählräder. Das Programm war auf 24spurigen Lochstreifen gespeichert.Dieses Projekt wurde zum Großteil von IBM finanziert.(1)
Dem Nachfolger Mark II verdankt die den Ausdruck Debugging . Grace Hopper berichtete: Der Sommer 1945 war sehr heiß wir in einem Raum ohne Klimaanlage und ließen die Fenster offen. Plötzlich blieb Mark II Wir krochen natürlich sofort in die Maschine den Fehler zu lokalisieren. Nach langem Suchen wir das defekte Relais : drinnen steckte eine Motte welche leider Zeitliche gesegnet hatte. Mit einer Pinzette klaubte das Insekt heraus legte es ins Logbuch klebte es mit Tesafilm fest. Nun hatte Aiken die Angewohnheit unverhofft hereinzuplatzen und uns der Frage: 'Are you making any numbers?' Verlegenheit zu bringen. 'Machten' wir keine Zahlen wir eine Entschuldigung parat haben. Von der der Motte an hatte es damit keine mehr. Wir behaupteten einfach dass wir beim seien. Diese erste Wanze (bzw. Motte) existiert noch sie kann im Museum des Naval Weapons Center in Dahlgren Virginia besichtigt werden. (2)
Neben seiner Konstruktion von Computern veröffentlichte Aiken auch Artikel zur Elektronischen Schaltungstheorie. Für Verdienste um die Computertechnik erhielt er zahlreiche und Ehrungen auch aus Deutschland.