Manche Protozoen werden über verunreinigte Nahrung aufgenommen weil sie zunächst oder ausschließlich Darm befallen. Andere werden in tropischen Ländern Insektenstich übertragen und befallen zunächst Zellen im Blut . Von dort aus können sie dann verschiedenen anderen Zielorgane erreichen. Trichomonas vaginalis wird durch Geschlechtsverkehr übertragen und befällt Zellen in der Schleimhaut des Urogenitalbereichs.
Zur Diagnose weist man bei Toxoplasma gondii spezifische Antikörper nach. Damit läßt sich dann auch Immunstatus des Patienten bestimmen. Die meisten Protozoen aber einfach in einer Probe der betroffenen (Stuhl Blut Vaginalsekret) unter dem Mikroskop erkannt werden. Dazu macht man einen auf ein Glasplättchen und fügt eine geeignete hinzu (meist Giemsafärbung). Auf koplizierte und langwierigere und molokulargenetische Nachweismethoden (ELISA PCR ) wie bei Virusinfektionen und vielen bakteriellen Infektionen kann man bei diesen relativ großen teilweise beweglichen Lebewesen also meist verzichten.
Toxoplasma gondii kann das ungeborene Kind wenn die Erstinfektion während der Schwangerschaft erfolgt. Zur Diagnose wird der Immun- Titer bestimmt und notfalls mit Antibiotika behandelt.
Tropische Protozoen können unbehandelt auf Dauer Organschäden führen.