Der erste Habsburger der in Graz residierte war Ernst der Eiserne auch Sohn Friedrich III. residierte dort immer wieder. Im Zuge Erbteilung unter den Söhnen Ferdinand I. erhielt der jüngste Sohn Karl II. diesen Länderkomplex. Es wurde als eigene organisiert die vor allem auch eine eigene hatte. Diese hatte den Grenzschutz gegen das Osmanische Reich zur Aufgabe und wurde daher erst 1705 nach Wien verlegt. Die Anlage der Militärgrenze wurde von Graz aus organisiert.
Nachdem Ferdinand III. von Innerösterreich unter Namen Ferdinand II. Kaiser und Landesherr der böhmischen und niederösterreichischen Länder wurde verschmolz der nach und nach ins Gesamtreich. Ein Statthalter Innerösterreich als Mittlerbehörde zu den einzelnen Ländern sich jedoch bis in die Zeit Maria Theresias .